Is-Segretarjat dwar l-EU jikkoordina x-xogħol preparatorju għall-Kumitat tal-Kabinett dwar l-Affarijiet ta’ l-EU u l-Kumitat Inter-Ministerjali dwar l-Affarijiet ta’ l-EU. Is-Segretarjat għandu r-responsabbiltà li jiżgura li dawn il-Kumitati għandhom l-informazzjoni li jeħtieġu biex ikunu jistgħu jiddeċiedu fil-pront skond il-bżonn dwar kwalunkwe ħaġa relatata ma' l-Unjoni Ewropea. Is-Segretarjat hu responsabbli wkoll biex jiżgura li Malta tipparteċipa b’mod attiv u effettiv fil-Kunsilli Ministerjali, kumitati, working parties u working groups ta’ l-Unjoni Ewropea, b’mod partikolari billi jara li titfassal pożizzjoni Maltija għal kull waħda minn dawn il-laqgħat li tkun taqbel mal-politika nazzjonali tal-gvern.

Minbarra li jipprovdi appoġġ lil dawn il-kumitati, is-Segretarjat dwar l-EU għandu żewġ funzjonijiet ewlenin. L-ewwel funzjoni hi li jwieġeb b’mod koordinat u fil-ħin fejn ikun hemm bżonn li tittieħed deciżjoni fuq talba minn istituzzjoni ta’ l-EU li titwassal mir-Rappreżentazzjoni Permanenti ta’ Malta fl-EU fi Brussell. It-tieni funzjoni tas-Segretarjat hi li jiffinalizza linji ta’ gwida u struzzjonijiet għall-approvazzjoni tal-Kumitat tal-Kabinett dwar l-Affarijiet ta’ l-EU meta dawn jikkonċernaw laqgħat tal-Kunsill kif ukoll laqgħat tal-Kumitat tar-Rappreżentanti Permanenti (COREPER) u kumitati oħra mwaqqfa mit-Trattati.

Is-Segretarjat dwar l-EU għandu wkoll ir-responsabbiltà li jara li l-informazzjoni tiċċirkola b’mod konsistenti u effettiv bejn ir-Rappreżentazzjoni Permanenti ta’ Malta fl-EU u l-ministeri tal-Gvern li għandhom responsabbiltà ewlenija jew sekondarja għal oqsma partikolari. Is-Segretarjat jieħu ħsieb jidentifika u jsolvi il-problemi li jistgħu jinqalgħu fejn ikun hemm issues mifruxa fuq ministeri jew dipartimenti differenti. Fl-aħħarnett, is-Segretarjat dwar l-EU għandu r-responsabbiltà li jissorvelja it-twettiq tal-liġijiet ta’ l-EU fiż-żmien miftiehem, kemm bħala t-tfassil ta' liġijiet lokali kif ukoll l-implimentazzjoni tagħhom.